本系設有八個特色研究室,如下:
1.「中國女性文學研究室」由林偉淑老師、侯如綺主持。設置於文學館L528室,是本系第一個專業研究室,典藏華人世界女性文學及現當代文學理論書籍數千冊,本研究室着力於反思與建構傳統兩性、女性、性別等議題。定期舉行女性文學論壇、讀書會及座談會,並延聘國內外相關女性研究領域之專家學者專題講座。
2.「兒童文學研究室」由謝旻琪老師主持。設置於文學館L509室,本研究室培養有志投身兒童文學的學子,配合「兒童文學」等相關課程,施以完整的訓練,並佐以「點點文創工作室」、「皮皮與丹丹出版社」,企畫並出版本系學生創作編輯之繪本、童話集、童詩集及文創商品,出版成果贈送給偏鄉及海外僑校。
3.「田野調查研究室」成立於1996年,原為周彥文老師主持(1996-2016),現由黃文倩老師主持。設置於文學館L405室,以文獻蒐集、實地考察,記錄並見證淡水的歷史、文物、人文景觀的變化。多年來已完成「食貨志」、「聚落志」、「沿革志」、「廟宇志」、「藝文志」、「生活志」等等成果。本研究室重視田野調查、採訪寫作等經驗性的實作,晚近亦跟進大眾傳媒時代的興起,參與文學院「文創大淡水」專案,整合拍攝紀錄片的方式紀錄淡水的變遷。此外,2015年12月起,更進一步發行出版半年刊雜誌《淡淡》,第一期專題為「淡水夜生活」。第二期專題考察淡水跟各種藝術媒介(概括了文學、美術、音樂、地圖、攝影、影片、表演、建築等)的關係。第三期的專題為「淡水異鄉人」。透過生活在淡水的外籍牧師、越南新娘、輕軌工人、榮民遺眷、老師學生及老街店家等對象,視野上包含宗教、底層、新移民、新工人及在地教育的實踐者,延伸與擴充人們在流動的世界裡,對所謂「家」、歸處、來去之間,以及當下土地、存在的新鄉土、新現實、新感覺的非本質化/變化性的認識。」
4.「圖像漫畫研究室」由馬銘浩老師主持。設置於文學館L509室,本研究室典藏臺灣早期珍貴漫畫數千冊,一方面致力於臺灣漫畫耆老訪談,建構臺灣漫畫史;一方面探討文創產業相關議題,推動產官學之實務合作。並與課程及刊物相結合,開設「圖像藝術與漫畫產業」等專題及出版『畫』說淡水刊物「淡丸」。
5.「儒學研究室」(設立於100學年度第1學期),由高柏園老師主持。設置於文學館L403室,本系是臺灣當代新儒學研究重鎮,數十年來名師輩出,學風鼎盛。本研究室以傳承臺灣當代新儒學自期,配合本系相關課程,成立「儒學研究室讀書會」,由周德良老師、羅雅純老師、李蕙如老師擔任指導老師,引領學生研讀傳世經典,在共同討論中學習批判性思考,並體察人文精神,道不遠人,充實即美的內涵。
6.「編採與出版研究室」(設立於105學年第1學期)由殷善培老師主持。設置於文學館L528室,本研究室以編輯、採訪、出版等議題為重心,結合「文藝編輯學」、「編輯與出版」等課程,出版系刊《拾幾頁》。定期邀請華文世界編採精英舉行專業講座或實務工作坊,傳承經驗,培養未來的編採及出版的明日之星。
7.「古典詩詞研究室」(設立於109學年第1學期)設置於文學館L403室,本研究室旨在深度研討古典詩詞相關議題,並主辦淡江大學秋水文章文學大賽、蔣國樑先生古典詩創作獎、淡江大學立夏詩會,積極培養古典詩詞創作人才。