本系創立於民國45年（1956年）淡江英專時期，是淡江大學歷史最悠久的科系之一。初為三年制國文科，由語言學名家許世瑛先生所籌設。

       民國47年（1958年）改制為文理學院，國文科更名為中國文學系，由許世瑛先生擔任首屆系主任，一時俊彥雲集，黃錦鋐、葉慶炳、周家風、董同龢、楊志源、潘希真、李維棻、阮廷瑜、臺靜農、葉嘉瑩、王偉俠、沈亮、萬心權、戴璉璋等教授均曾於本系作育英才。許世瑛先生主持系務時即重視習作課程，務求學以致用，這一精神至今仍保留在現代文學、詩選、詞選、文選等課程中。

       民國52年（1963年）2月本校創設夜間部，中文系為該部最早設立的科系之一，民國61年（1972年）擴充為雙班。夜間部最初只有部主任未設有系主任 民國59年（1970年）始設系主任，首屆夜間部系主任為于大成先生，開創協同教學，多方延攬俱有博士學位的年輕學者任教，曾永義、左松超、周何、徐芹庭、沈謙、邱燮友、張文彬、王更生、杜松柏等教授，均為當時眾望儒林之國學才俊，亦培養了不少優秀人才。

       民國77年（1988年）成立碩士班，創所所長為龔鵬程先生，龔先生運籌擘畫，務求開創新格局，建構一所新的中文所期勉，以確立文學、社會與美學的教學研究發展主軸，在中文學界首開「文藝行政與文學社會學」、「文學的斷代研究」、「辭彙學」、「世界漢學」等課程，並配合「文學與美學」、「社會與文化」兩大國際研討會，以文會友，奠定淡江中文系的學術聲望。

      民國86年（1997年）配合教育部政策，停招夜間部，原夜間部兩班轉入日間部。分為A、B、C、D四班。

      民國88年（1999年）成立博士班，首屆招收博士生3名。

      民國90年（2001年）成立進修學士班一班，日間部減招一班，分為A、B、C三班。

      民國92年（2003年）日間部再減一班成立中文所碩士在職專班，並支援成立漢語文化暨文獻資源研究所。

      民國98年（2009年）配合學校系所整合方案，漢語文化暨文獻資源研究所碩士班併入中文所碩士班，中文所碩士班分為「文學組」與「語言文化組」。

      民國100年（2011年）配合學校系科調整，大學部增設一班，分為A、B、C三班。

      民國102年（2013年）配合學校系科調整，大學部減招一班，恢復為A、B兩班

     歷屆系主任名單如下： 

     日間部系主任起迄時間：
     許世瑛（45年8月-49年7月）：三年制國文科主任
     許世瑛（47年8月-54年7月）
     戴璉璋（54年8月-55年7月）
     許世瑛（55年8月-58年6月）
     黃錦鋐（58年6月-60年7月）
     龍良棟（60年8月-62年7月）
     于大成（62年8月-63年7月）
     傅錫壬（63年8月-67年7月）
     王　甦（67年8月-70年7月）
     韓耀隆（70年8月-72年7月）
     傅錫壬（72年8月-76年7月）
     龔鵬程（76年8月-79年7月）：77年起系主任兼所長 
     王文進（79年8月-83年7月）
     高柏園（83年8月-87年7月）
     周彥文（87年8月-89年7月）
     高柏園（89年8月-91年7月）
     崔成宗（91年8月-93年7月）
     盧國屏（93年8月-94年7月）
     呂正惠（94年8月-96年7月）
     崔成宗（96年8月-98年7月）
     張雙英（98年8月-100年7月）
     殷善培（100年8月-106年7月）
     周德良  (106年8月-112年7月)
     殷善培  (112年8月-              ）

     夜間部系主任起迄時間
     于大成（59年8月-66年7月）
     王仁鈞（66年8月-68年7月）
     王　甦（68年8月-72年7月）：72年學年度起夜間部主任由日間部主任兼任。